Em abril de 2016, a interrupção liminar dos processos de seleção de candidatos ao PNRA e a suspensão do assentamento de beneficiários já selecionados havia afetado cerca de 500 mil famílias, segundo estimativa do próprio Incra.
Em abril de 2016, o tribunal determinou o bloqueio liminar (provisório) dos beneficiários do programa cujos cadastros apresentavam indícios de irregularidades. A suspensão vigorou enquanto as suspeitas eram apuradas.
Entre os indícios inicialmente apontados por técnicos da Secretaria de Controle Externo da Agricultura e do Meio Ambiente do TCU, estavam a existência de pessoas que trabalham em órgãos públicos, como prefeituras; empresários e até titulares de mandatos eletivos, além de pessoas que possuem terras com tamanho acima do permitido. Se confirmadas, as irregularidades trariam prejuízo de R$ 2,83 bilhões.