Em contrapartida, serão remanejados para a fundação responsável pela política indígena do país Funções Comissionadas do Poder Executivo (FCPE), que só podem ser ocupados por servidores efetivos. Segundo a Funai, 87 cargos serão extintos da estrutura do órgão..
Em nota, o presidente da Funai, Antônio Costa disse que a fundação “enfrentará essa nova realidade com responsabilidade e buscará alternativas junto ao governo federal e ao Ministério da Justiça para que a crise econômica em que se encontra o país não prejudique ainda mais a instituição e as 305 etnias [indígenas] existentes no Brasil”.