Nesta edição do IDEB 2017, o Inep/MEC estabeleceu critérios de cálculo que vem gerando diversos questionamentos. Foram desconsiderados, para a média dos estados, os resultados das Escolas Técnica Estaduais e incluídas no cálculo escolas com baixa participação, permitindo ainda que estados com menor participação preenchessem as notas de estudantes ausentes na avaliação com as notas de estudantes presentes.
Esta metodologia contraria a portaria que regulamentava a avaliação e altera os resultados do IDEB, beneficiando o resultado de alguns estados e prejudicando o de outros, como é o caso de Pernambuco, que, por exemplo, tem elevada participação das escolas na avaliação e uma das maiores redes de escolas técnicas estaduais em todo o Brasil. Essas mudanças de critério de cálculo foram questionadas por vários governadores em carta aberta e também foi objeto de ofício do Conselho Nacional de Secretários de Educação (CONSED).